本学会下设专业委员会十一个:

1、水工专业委员会

2、规划动能经济专业委员会

3、小水电专业委员会

4、机电运行专业委员会

5、工程地质勘测专业委员会

6、工程造价专业委员会

7、通航专业委员会

8清洁能源电网自动化专业委员会

9、水库及环保专业委员会

10、水电站施工专业委员会

11、风电与新能源专业委员会

本学会下设工作委员会三个:

1、青年科技工作委员会

2、咨询工作委员会

3、科普工作委员会